除了各百人队的旗帜之外，先锋队部将设有五⾊军旗，一般只允许举一面旗。五⾊旗的主要作用为：行军途中遇到树林，就把青⾊的军旗⾼举；遇到沼泽，就把黑⾊的军旗⾼举；遇到其他军队，就把⽩旗⾼举；遇到山势险要的地方，就把⻩旗⾼举；遇到烟火，就把红旗⾼举。一旦走过，就要把相应的军旗收起来。
如果道路只可以行军一列，就举一面旗帜；如果可以行军两列，就举两面旗帜；可行军三列，就举三面旗帜；可行军四列，就举四面旗帜；拔营行军的时候，就举五面旗帜，后面的队部依次传递。
而如果前面的哨兵发现敌人，形势危急，就挥动红旗；形势不是很危急，就挥动⻩旗；敌人人数众多，就挥动青旗；人数不多，就挥动⽩旗；前方无路可行，就挥动黑旗。前面的士兵挥动军旗，后面的就要跟着依次挥动。如果敌人没有来进攻，就停止摇动军旗。绝对不允许遇见敌人，挥动军旗之后，不论敌人是否进攻就一窝蜂地后撤，否则军法严惩。同样如何胡
竖立和挥舞军旗，同样要军法严惩。统一了号令，那么接下来就是军法，王千军现在
本就没有一个成文的军纪，不过王千军也是幸运的，因为手下人各自出⾝的不同，都互相监视着不敢来，所以扰民的事情发生得极少，而王千军也一再要求不许杀屠俘虏，看着无数的敌人自动地扔掉了手中的兵器，乖乖在那里投降，尝到甜头的手下人也渐渐习惯了不杀屠俘虏，可王千军知道，如此自觉的事情并不会维持太久，一定要有完善正规的军纪才可以。“在没有我的命令和主帅的命令随意砍伐百姓树木，蹋糟百姓田产，烧毁百姓房屋，偷盗财物者，初归还百姓财物，赔偿百姓损失之外，还要
据情节大小进行惩罚，最少十军
，最⾼则为一百军！”“在没有我的命令和主帅的命令之下，杀戮百姓，**妇女，杀戮俘虏和侮俘虏的妇女者，杀无赦！军队中严噤出现割取阵亡将士之首级，妄杀无辜百姓冒充敌人首级之事，违者杀无赦！”
这是王千军规定的军纪的前一小部分，所有人听了之后在內心都感觉有些奇怪，不过很多人想一想也就明⽩了，真到了某些时候，王千军也会下达洗劫和杀屠的命令，到时候只要遵守命令就行了，在这个
世，他们这些人还真没有见过什么对百姓秋毫无犯，仁义无比的军队，有的时候官兵比土匪还要可怕！“军队前进后退子有旗帜金鼓来指挥，没有命令不许私自开口说话，特别是在夜间行军，必须保持队伍的整齐，严噤开口和揷队，违反者将严加惩处。”
“战斗之中，敌人如抛撒金银财宝、布帛兵器，所有士兵不许拣拿和抢夺，因为那是敌人在引
我军士兵争夺钱财，好趁机逃跑或者反攻。今后如果在战争中遇到敌人抛撒财物，有人胆敢违令贪图钱财，而导致战败，或者使敌人得以逃脫，凡是抢夺财物的士兵，不管是带头的还是跟随的，全部都要斩首！”“凡是临阵退缩者，执法队可就地格杀逃兵，允许队长割后退士兵的耳朵，百户割后退队长的耳朵，千户割后退百户的耳朵。收兵回营之后，凡是没有耳朵者，都要进行审查和清点，弄清情况后将违反军纪者斩首。如果有人纵容属下，眼见有人退缩而不肯割人耳朵，那么就要连坐并罚，但退缩之人不予追究。”
“如果伏击敌人，遇到敌人的时候没有及时冲杀的，或者过早冲杀的，领兵的百户就要依照军纪斩首，士兵则要扣其口粮，并要捆绑起来鞭打。如果大队人马看到奇兵和伏兵已经开始冲杀，而不立即响应的，同例。每一队士兵，如果一个士兵奋勇冲杀，而其他人不去相救至使其阵亡，那么全队都要予以斩首！”
“凡是冲锋在前的人，一队被围困，而二队不去营救；一百人队被围困，而同一千人队其他各百人队不去营救，至十被围困者阵亡，依照军纪斩杀队长、百户、千户。凡是阵亡一人而本队没有斩杀一个敌人，那么每一个士兵都要扣罚一个月的口粮，并由全队来支付阵亡者家属的抚恤！”
等等…
当王千军念完所有的军纪之后，所有人都认为王千军疯了，这比官兵的军纪还要严格，连坐之法到了极至，一个不小心一个士兵违反了军法，那么整队的士兵，甚至整个百人队的人都要被牵连，连同千户都有危险。很多人都开口希望王千军将军纪中的一些条例给改一改，甚至连柳⽟蓉都开口了，可王千军就是一意孤行，最后军纪就这样被定了下来。
王千军很自信，他相信所订立的军纪并没有错，他没有疯，一切都是古人的智慧，军纪中的很多部分都是王千军在现代的旧货市场上，无意之中买到的一本兵书上记载着，那就是抗倭名将戚继光所著的《纪效新书》，也只有如此严苛的军纪才能锻炼出一支铁⾎无敌的军队，如果军法中都是人情，军纪中条条都讲仁义，那么什么仗都不用打了，所有人⼲脆都回家抱孩子得了。
军队号令与军法军纪的手抄本马上就分了下去，县城內的书局还在忙着排版，很快就会大量印制，然后由县城內识字能说的书生，还有军中识字之人一条一条地讲给所有士兵听，每个士兵平时无事都要大声地背诵军队的号令与军纪军法，背
后再不断地复习。腾折了这么多东西，但还没完，这些不过是号令与军法军纪而已，还有更重要的，那就是阵行队列，与敌
锋之法，王千军的手下军队只会普通的队列阵行，进攻的时候除了紧记要投
外，其他的简直就是一塌糊涂，所有的士兵都要重新训练，否则再严苛军法军纪也没用，打不赢敌人士兵们照样逃跑。王千军规定，二十人为一小队，除了队长之外，挑选年少健壮的四人持盾牌，两人持长牌，两人持圆牌；再挑选⾝材⾼大強壮的四人持大巨的山斧；其他十一人中，六人持长
，两人持钢刀等短兵刃，最后三人为弓弩手。进攻之时，士兵们在各小队的盾牌之后隐蔽⾝体，缓步前进。手持盾牌的士兵在最前面只管低着头向前前进；山斧长
在盾牌的两旁伸出，⾝体隐蔽在盾牌的后面，紧跟着盾牌前进，弓弩手在最后。在与敌
锋之时，盾牌挡敌之弓弩，防敌之兵器，山斧保护盾牌砍杀前方之敌，长配合山斧杀敌，单刀短兵则在长与山斧使老与敌人近⾝上前拼杀，保护使用山斧与长的士兵，盾牌手则在保护好⾝后同伴的前提下，寻找机会用单刀杀敌。各队弓弩手都要集中听从百户的命令进行齐
，庒制和削弱敌人。此外，盾牌手后背都揷有标
，手持山斧者随⾝带有手斧，在冲击敌阵或者防御之时可投与掷斧来削弱敌人。同时王千军还规定，听到命令而队伍不前进就是队长与持盾者的责任，如果队长和持盾者被杀害，其他的士兵必须马上顶替队长与持盾者的职责，倘若其他士兵因为队长和持盾者战死而逃跑，全队都要斩首。
这就是戚继光的鸳鸯阵的翻版，同时在作战过程中，
据不同的情况，鸳鸯阵的一队人也可以分成两队，组成两仪阵，人分成两队后，兵器也随人分成两队。除此之外还可以将两仪阵再变成三才阵，队长居中，两边配以四山斧两短兵，左右两翼各有两盾牌三长。弓弩手依旧在后，如此一来就能将二十人的队伍在一条直线上展开。对于王千军这样的安排，大部分人都觉得很头大，也头晕，特别是村勇与土匪出⾝的人，都觉得这实在是太⿇烦了，打仗哪里管那么多，直接冲过去拼杀一阵就行了，只有军户出⾝的江明扬和姜飞骑眼睛一亮，完全贯彻了王千军的练兵之法，其他人则私底下都完全不上心，尽量应付着。
但很快，当江明扬率领一百人以勉強
练的鸳鸯阵在对练过程中大破翻天猴与老马头所组成的两百人后，所有人不敢再有一丝的摸鱼，全力训练手下排兵布阵，王千军也趁机开始了一场轰轰烈烈的大练兵。对军队的大整顿和大练兵就这样持续了一个多月的时间，而夏季也过去了一个多月，王千军得到了比较満意的成果，那就是绝大部分的士兵都把行军号令还有军法军纪都背了下来，对新阵行队列也越来越
悉。但至于能否贯彻执行，那就是要看一个为将为帅者的决心和魄力，同时军中各百人队的大比武的最**也终于是开始了。王千军从来都不会克扣军饷，每月的军饷都是⾜额发放，还让每个士兵顿顿都能吃
饭，顿顿都有⾁和菜，不过王千军手下士兵的军饷跟官军正规士兵的军饷却是一样的。但与官兵不同的是，王千军给予士兵的奖励和抚恤要比官兵规定的要多得多，同时士兵的家人在赋税和租子上都有特殊的照顾，就算是在没有战事的情况下，各百人队之中也会进行大练兵，据在练兵过程中的排名和表现进行奖励。
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